后期危机共有4种。
开局时可以指定首次危机，也可以随机。选择时要留意：开启聚落永久摧毁后，绿皮入侵和亡灵入侵都可能毁掉人类聚落，而且无法重建。
关闭永久摧毁后，城市会暂时陷入相应的城镇状况，不会被永久毁掉。
无论指定还是随机选择危机，预兆一般出现在战役第 50 至 70 天，危机通常于第 80 - 100 天开始。启动不要求声望达到某一数值，但必须经过足够天数，且战团实力达到最低要求；实力由平均等级和人数决定。[1]
如果战团当前没有抱负，选择界面会提供“结束危机”抱负。选取后，可查看当前局势，了解结束危机的进展。不过，即使不选这项抱负，也能平息危机。
危机通常需要 30 至 100 天结束，也可能拖得更久。
一次危机结束后，下一次可能在随后 100 天内发生，其中至少有 50 天和平期。同一种危机不会连续发生。
贵族家族之战
贵族家族互相宣战，攻占对方聚落，降低当地物资和财富水平，但不会摧毁聚落。原文因此推荐把贵族战争作为首次危机，为战团成长争取时间。无论是否参与，战争最终都会结束；但一旦选边，对方就会与你敌对。你虽可乘机厮杀劫掠，也会失去大片地区的通行与交易机会。冲突期间，不同贵族家族之间的海运航线也会中断。
贵族战争危机的专属委托：
- 参加大规模会战
- 劫掠敌方商队与聚落
- 围攻敌方堡垒
- 为被围困的聚落解围
亡灵灾祸
一股古老邪恶被唤醒，并与亡灵势力结盟。
地图上会出现大量新亡灵据点，所有亡灵据点生成劫掠部队的频率也会提高。劫掠队可能混编两类亡灵势力的单位，死去的人类也有机会复生为行尸。
亡灵灾祸的专属委托：
亡灵能够占领聚落，将其摧毁并改建为自己的据点。
消灭亡灵劫掠队和据点，有助于平息这场危机。
绿皮入侵
地精和兽人为了同一个目标联合起来：让玩家苦不堪言。当然，也要屠尽那些肮脏的人类，不过那反倒不那么重要了。
与亡灵入侵类似，绿皮营地会在各地生成，并派出劫掠队围攻城市。得到地精萨满支援的兽人战士十分危险。
如何取胜？消灭它们。城市周围若布满废墟，往往意味着附近有绿皮大城，需要将其摧毁。
这场危机有专属的委托，例如：
- 猎杀兽人并解救俘虏
- 为被围困的城市解围
- 猎杀兽人军阀
要准备好对付重甲兽人战士，战锤很适合破甲。还需要优秀射手，因为兽人会与地精并肩作战，后者拥有远程部队和前述地精萨满，萨满应优先击杀。
圣战
圣战是“烈日沙漠”DLC 新增的后期危机，围绕北方贵族家族与南方城邦之间的文化、宗教冲突展开。它与贵族战争类似，但双方争夺的不是彼此的城市，而是 3 处圣地，目标是比敌方控制更多圣地。玩家通过接取相应委托，可以支持城邦或北方十字军。战争期间，对立一方会与你敌对；结束后则与贵族战争一样，原先的敌人会恢复为冷淡关系。
委托分为3类，分别是：
- 夺取圣地
- 保护圣地
- 保护村庄